Jak počítat rychle na JU

Přírodovědecká fakulta JU provozuje výpočetní klastr, zároveň se zařadila do infrastruktury MetaCentrum Jako student nebo zaměstnanec JU máte můžete využívat zdroje (počítače) Metacentra, a to nejen ty, které JU vlastní. Máte-li výpočetně náročné aplikace a chcete vědět jestli byste je mohli pouštět na clusteru, ozvěte se nám (viz. Kontakt) a my Vám poradíme. Zásadní podmínkou je ale dostupnost Vašich aplikací pro operační systém linux.

Postup pro ověření možnosti využít cluster a zajištění Vaší práce je následující:

Poznámka: K čemu je výpočetní cluster

Ideální využítí představují výpočetně náročné dávkové i interaktivní úlohy, které jsou schopné využít více procesorů nebo strojů. Konkrétně to mohou být ulohy které poběží i několik dní i týdnů. Rozhodně se nehodí na vystavování webových stránek nebo k dlouhodobému ukládání dat. Podrobnější informace najdete na stránkách Metacentra třeba ZDE.

A. Aplikace pod linuxem

Výpočetní cluster běží s operačním systémem Debian linux. Proto nejdříve musíme (musíte) zjistit jestli Váš program běží i na linuxu. K použítí Vašich aplikací na clusteru, je třeba mít jejich binárky (zkompilované spustitelné soubory) pro linux nebo alespoň zdrojové soubory. Nebo máte štěstí a Vaše aplikace jsou v seznamu již zkompilovaných aplikací dostupných ve formě modulů Metacentra. S kompilací zdrojových souborů nebo spouštěním binárních souborů Vám pomůžeme viz. Kontakt. Pokud si nejste jistí zda Váše aplikace by se mohly na clusteru použít, pomůžeme Vám viz. Kontakt.

Obecné návody ke spouštění aplikací

Podrobné návody ke spuštění konkrétních aplikací

B. Účet v metacentru

Máte-li Vaše aplikace pro linux, musíte si založit účet v Metacentru. Ten získáte získáte na základě toho, že jste student nebo zaměstnanec JU. Postupujte v následujících bodech:
Jako uživatel zdrojů Metacentra je nutné dodržovat provozní a bezpečnostní pravidla uvedená ZDE.

Máte-li problém s přihlášením se na stroje Metacentra (třeba i na hermes), pak se zkuste přihlásit na portál Metacentra kde si můžete ověřit platnost Vašich přístupů na konkrétní počítače. Zapomenete-li heslo, postupujte dle návodu.

C. Základní práce pod linuxem

Takže už máte účet v Metacentru, Vaše aplikace na clusteru půjde použít a teď jak začít pracovat? Se základní prací pod linuxem Vám opět můžeme pomoci viz. Kontakt. Obecně Vás budou nejspíš zajímat následující

Kontakt

Kontaktní osobou pro JU je Pavel Fibich Kontakt využívejte v následujících případech :

Aktuální stav a statistiky

Aktuální load klastru hermes je u testovací PBS.
Statistiky o začátku provozu jsou na obrázku. Zde vidět zátěž rozdělená na uživatele z JU (tmavě modrá), ostatní uživatelé (fialová) a suma (světle modrá). Kolik propočítali uživatelé z JU: na hermesovi (tmavě modrá), jinde (červená) a suma (žlutá). Zeleně je maximální výkon.
load

Technická specifikace klastru JU

hostname čelního uzluhermes.prf.jcu.cz
ip adresa čelního uzlu160.217.209.129
hostnames výpočetních uzlůhermes[01-11]-[1,2].prf.jcu.cz
počet výpočetních uzlů11 + 1 front-end
procesor na 1 uzlu1 x Quad Core Xeon E5345 @ 2.33 GHz
cache procesoru4 MB
architektura procesoru64 bit
operační pamět na 1 uzlu16 GB
disky na 1 výpočetním uzlu5 x 500 GB
disky na front-endu (/home/)8 x 1.0 TB
připojení k internetu1 GB Ethernet
operační systémDebian GNU/Linux 4.0 (etch)
PBS frontyshort, normal, (privilegovaná jcu)

Fotky

Nod zevnitřNody zvenkuKlastr
node nodes cluster
Tato stránka je jen stručným shrnutí informací ze stránek Metacentra.